Die abwechslungsreiche Landschaft um Fleckeby ist durch mehrere Vorstöße der Gletscher in der letzten Eiszeit vor 15.000 bis 20.000 Jahren entstanden. Im Norden blieb als großer Foteissee die Große Breite zurück, die sich später mit der langen, mittlerer Schlei und der Ostsee zu einem Meeresarm verband. Eis und Schmelzwasser bildeten die heutigen Wiesen und Auen.
An beiden Seiten lagerten sich als End- und Seitenmoränen Schuttmassen ab, die rund um die Gemeinde bis zu 70m angehäuft wurden, in den nur wenige Kilometer nach Süden liegenden Hüttener Bergen auf über 100m. Im östlichen Bereich entstanden Sanderflächen als Auftragung durch Schmelzwasser bei einem späteren, nicht so weiten Vorstoß der Gletscher. Einzelne eingestreute Wälder beleben das Ganze. Seit 230 Jahren trennen viele Knicks die neu aufgeteilten Felder, Erdwälle bewachsen mit Sträuchern und einzelnen Bäumen, die Windschutz und Lebensraum und Lebensraum für die Vogelwelt bieten.
Eine Reihe von markierten Rad- und Wanderwegen erschließen den Bewohnern, aber auch den Erholung und Abwechslung suchenden Touristen die Gegend, wovon der größte Teil zum Landschaftschutzgebiet im Naturpark Hüttener Berge und Schlei gehört. Am Südufer der Großen Breite liegen zwei Segelhäfen, und der Holmer Strand lädt, in der immer sauberer werdenen Schlei, zum Baden ein. Für Sportinteressierte gibt es genügend Möglichkeiten im Sport- und Tenniszentrum und einen Reiterhof sowie im nur 2 km entfernten Güby einen Golfplatz.
Fleckeby eignet sich gut als Ausgangspunkt für Ausflüge nach Schleswig mit seinen Museen und Eckernförde mit seinem Ostseestrand (je 10 - 15 km entfernt). Auch Rendsburg (25 km) und Husum mit der Nordseeküste (45 km) sind nicht weit.